鍋爐燃燒本身就是一個產生污染的過程，而有關環境保護法嚴格限制了排放到大氣中的二氧化硫、氮氧化物和 PM2.5 等 的濃度，而且隨著社會發展相關要求日益嚴格。智能控制可以有效改善現有鍋爐設計和減少污染技術，使電廠能夠以合理的成本提供熱能或電力的同時符合環境法規。

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燃煤鍋爐污染的智能控制可以應用在燃燒過程的各個階段。鍋爐燃燒燃料的選擇是減少煙氣污染物的第一步，例如，天然氣燃燒比燃料油、醫療廢物或生物質更清潔，并且在其煙氣中產生的污染物最少。當然，國內鍋爐大多無法選擇燃料，智能控制系統可以根據入爐燃料的工業分析等綜合調整各層燃燒器的燃料、風量配比，以降低污染。

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智能控制鍋爐燃燒也可以減少氮氧化物的產生，鍋爐中燃料從點燃到燃盡每個過程都可以通過計算及數據分析給出一個最合理的空氣配比。對于煙氣再循環的鍋爐，通過智能控制系統調整被送回燃燒室的煙氣量，可以更好的空盒子空氣的氧量，降低核心火焰溫度。